Sa kasamaang palad, ang kasalukuyang sistema ng pagsubok ay may malubhang problema. Matagal nang alam ang ilan sa mga isyung ito, tulad ng napakamahal ng pagsusuri o nakakapinsala o nakakapatay ito ng maraming hayop. Bilang karagdagan, ang isang malaking problema ay ang pagsubok ay hindi gumagana sa paraang gusto ng mga siyentipiko.
Kapag pinag-aaralan ng mga siyentipiko ang isang kemikal, sinisikap nilang malaman kung ligtas para sa isang tao na malantad sa isang maliit na halaga ng sangkap ng pagsubok sa loob ng maraming taon. Sinusubukan ng mga siyentipiko na sagutin ang tanong ng kaligtasan ng pangmatagalang pagkakalantad sa isang maliit na halaga ng isang sangkap. Ngunit ang pag-aaral ng mga pangmatagalang epekto sa mga hayop ay mahirap dahil karamihan sa mga hayop ay hindi nabubuhay nang matagal, at ang mga siyentipiko ay nagnanais ng impormasyon nang mas mabilis kaysa sa natural na haba ng buhay ng isang hayop. Kaya inilalantad ng mga siyentipiko ang mga hayop sa mas mataas na dosis ng mga kemikal—ang pinakamataas na dosis sa mga eksperimento ay kadalasang nagpapakita ng ilang palatandaan ng labis na dosis.
Sa katunayan, ang mga mananaliksik ay maaaring gumamit ng mga konsentrasyon ng kemikal na libu-libong beses na mas mataas kaysa sa kung ano ang mararanasan ng sinumang tao sa aktwal na paggamit. Ang problema ay na sa diskarteng ito, ang epekto ay hindi lumilitaw nang libu-libong beses nang mas mabilis. Ang lahat ng matututuhan mo mula sa pag-eksperimento sa mataas na dosis ay kung ano ang maaaring mangyari sa mga sitwasyon ng labis na dosis.
Ang isa pang problema sa pagsusuri sa hayop ay ang mga tao ay hindi lamang mga higanteng daga, daga, kuneho, o iba pang eksperimentong hayop. Oo naman, may ilang pangunahing pagkakatulad sa pangunahing biology, mga cell, at mga organ system, ngunit mayroon ding mga pagkakaiba na gumagawa ng malaking pagkakaiba.
Apat na pangunahing salik ang nakakatulong na matukoy kung paano naaapektuhan ng pagkakalantad ng kemikal ang isang hayop: kung paano sinisipsip, ipinamamahagi sa buong katawan, na-metabolize at nailalabas ang kemikal. Ang mga prosesong ito ay maaaring mag-iba nang malaki sa pagitan ng mga species, kung minsan ay humahantong sa mga kritikal na pagkakaiba sa mga epekto ng pagkakalantad ng kemikal.
Sinusubukan ng mga mananaliksik na gumamit ng mga hayop na malapit sa mga tao. Kung nag-aalala sila tungkol sa mga potensyal na epekto sa puso, maaari silang gumamit ng aso o baboy - dahil ang mga sistema ng sirkulasyon ng mga hayop na ito ay mas katulad ng mga tao kaysa sa iba pang mga hayop. Kung nag-aalala sila tungkol sa nervous system, maaari silang gumamit ng mga pusa o unggoy. Ngunit kahit na may medyo magandang tugma, ang mga pagkakaiba sa pagitan ng mga species ay maaaring maging mahirap na isalin ang mga resulta ng tao. Ang maliliit na pagkakaiba sa biology ay maaaring gumawa ng malaking pagkakaiba. Halimbawa, sa mga daga, daga at kuneho, ang balat ay mabilis na sumisipsip ng mga kemikal - mas mabilis kaysa sa balat ng tao. Kaya, ang mga pagsusuri gamit ang mga hayop na ito ay maaaring magpalaki sa mga panganib ng mga kemikal na nasisipsip sa pamamagitan ng balat.
Ayon sa US Food and Drug Administration, higit sa 90% ng mga promising na bagong compound ay nabigo sa mga pagsusuri ng tao, alinman dahil ang mga compound ay hindi gumagana o dahil sila ay nagdudulot ng napakaraming side effect. Gayunpaman, ang bawat isa sa mga compound na ito ay dati nang matagumpay na nasubok sa maraming mga pagsubok sa hayop.
Ang pagsusuri sa hayop ay matagal at mahal. Tumatagal ng humigit-kumulang 10 taon at $3,000,000 upang makumpleto ang lahat ng pag-aaral ng hayop na kinakailangan upang mairehistro ang isang pestisidyo sa US Environmental Protection Agency. At ang mga pagsubok para sa nag-iisang sangkap ng pestisidyo ay papatay ng hanggang 10 hayop – mga daga, daga, kuneho, guinea pig at aso. Mayroong libu-libong mga kemikal na naghihintay ng pagsubok sa buong mundo, at ang pagsubok sa bawat isa ay maaaring magastos ng milyun-milyong dolyar, taon ng trabaho, at libu-libong buhay ng mga hayop. Gayunpaman, ang mga pagsubok na ito ay hindi isang garantiya ng kaligtasan. Gaya ng nabanggit namin sa itaas, wala pang 000% ng mga potensyal na bagong gamot ang matagumpay na pumasa sa mga pagsubok sa tao. Ayon sa isang artikulo sa magasing Forbes, ang mga kumpanya ng parmasyutiko ay gumagastos ng isang average na $10 bilyon upang bumuo ng isang bagong gamot. Kung hindi gumana ang gamot, malugi lang ang mga kumpanya.
Habang maraming industriya ang patuloy na umaasa sa pagsusuri sa hayop, maraming mga tagagawa ang nahaharap sa mga bagong batas na nagbabawal sa pagsubok ng ilang mga sangkap sa mga hayop. Ang European Union, India, Israel, São Paulo, Brazil, South Korea, New Zealand, at Turkey ay nagpatibay ng mga paghihigpit sa pagsusuri sa hayop at/o mga paghihigpit sa pagbebenta ng mga nasubok na kosmetiko. Ipinagbawal ng UK ang pagsusuri sa hayop ng mga kemikal sa bahay (hal. mga produktong panlinis at paglalaba, mga air freshener). Sa hinaharap, mas maraming mga bansa ang magpapatibay ng mga pagbabawal na ito dahil parami nang parami ang mga tao na tumututol sa pagsusuri ng kemikal sa mga hayop.